Extension of the IsaViz software for the representation of metabolic and regulatory networks

Brazilian Archives of Biology and Technology

关键词: Metabolic and Regulatory Pathways;    RDF/XML;    Modeling;   

DOI  :  10.1590/S1516-89132005000400025

来源: DOAJ

【 摘 要 】

In this work we developed an extension of IsaViz software, a RDF (Resource Description Framework) authoring tool, designed to be a graphical environment to build models of metabolic and regulatory networks. This environment, called Metabolic IsaViz, was linked to a genomic library of types and was modeled on the basis of ontologies. Biochemical pathways included data at sequence level (e.g., the amino acid sequence of enzymes), besides kinetic and thermodynamic parameters for the reactions. Models created with Metabolic IsaViz could be exported to pathways simulators through SBML (Systems Biology Markup Language), which allowed to analyze the pathway dynamics of target chemicals.
A determinação de vias metabólicas e regulatórias de microrganismos é essencial para estudos pós-sequenciamento de DNA, com aplicações diretas em várias áreas da biotecnologia, em especial em engenharia metabólica. Neste trabalho desenvolvemos uma extensão do software IsaViz, editor de grafos RDF (Resource Description Framework), com a finalidade de criar um ambiente gráfico para a construção de modelos de vias metabólicas e regulatórias. Este ambiente, o Metabolic IsaViz, foi integrado a uma biblioteca de tipos genômicos, modelada com base em ontologias, sendo que as vias bioquímicas podem incluir dados ao nível de seqüência (como a seqüência de aminoácidos das enzimas), além de parâmetros cinéticos e termodinâmicos. Os modelos criados com o Metabolic IsaViz podem ser exportados para simuladores de vias metabólicas através da linguagem SBML (Systems Biology Markup Language) para análise da formação de metabólitos de interesse.

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