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BMC Bioinformatics
BIOCOM-PIPE: a new user-friendly metabarcoding pipeline for the characterization of microbial diversity from 16S, 18S and 23S rRNA gene amplicons
Mélanie Lelièvre1  Samuel Mondy1  Samuel Dequiedt2  Thibault Girier2  Lionel Ranjard2  Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré2  Battle Karimi2  Christophe Djemiel2  Pierre-Alain Maron2  Aurélien Cottin2  Yassin El Djoudi2  Sébastien Terrat2  Patrick Wincker3 
[1] Agroécologie - Plateforme GenoSol, BP 86510, 21000, Dijon, France;Agroécologie, AgroSup Dijon, INRAE, Univ. Bourgogne, Univ. Bourgogne Franche-Comté, 21000, Dijon, France;CEA/Institut de Biologie François Jacob/Génoscope, CP5706, 2, Rue Gaston Crémieux, 91057, Evry Cedex, France;
关键词: Ecology;    Metabarcoding;    Bacterial;    Archaeal;    Fungal;    Photosynthetic microeukaryotes;    ReClustOR;    France;    Land-use;   
DOI  :  10.1186/s12859-020-03829-3
来源: Springer
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