Detecting genomic deletions from high-throughput sequence data with unsupervised learning

BMC Bioinformatics

Methodology

Yufeng Wu¹  Xin Li² 

[1] Department of Computer Science and Engineering, University of Connecticut, 06269, Storrs, CT, USA;Division of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer Institute, 20892, Bethesda, MD, USA;Cancer Genomics Research Laboratory, Frederick National Laboratory for Cancer Research, Leidos Biomedical Research Inc, 21702, Frederick, MD, USA;

关键词: Structure variation;    Deletion;    High-throughput sequencing;    Genomics;    Unsupervised learning;   

DOI  :  10.1186/s12859-023-05139-w

 received in 2022-12-20, accepted in 2023-01-05,  发布年份 2023

来源: Springer

【 授权许可】

CC BY   
© The Author(s) 2023

【 图 表 】

Fig. 55

Fig. 2

Fig. 6

Fig. 5

Fig. 54

Fig. 2

Fig. 1

12864_2023_9114_Article_IEq10.gif

12888_2022_4500_Article_IEq3.gif

12888_2022_4500_Article_IEq2.gif

12888_2022_4500_Article_IEq1.gif

Fig. 2

Fig. 1

Fig. 7

Fig. 4

Fig. 52

Fig. 11

Fig. 10

Fig. 48

Fig. 1

Fig. 4

Fig. 2

Fig. 5

Fig. 3

Fig. 5

41116_2022_35_Article_IEq659.gif

41116_2022_35_Article_IEq655.gif

Fig. 47

Fig. 2

41116_2022_35_Article_IEq649.gif

Fig. 1

41116_2022_35_Article_IEq645.gif

41116_2022_35_Article_IEq641.gif

Fig. 46

41116_2022_35_Article_IEq627.gif

41116_2022_35_Article_IEq624.gif

41116_2022_35_Article_IEq621.gif

Fig. 45

Fig. 43

41116_2022_35_Article_IEq593.gif

41116_2022_35_Article_IEq552.gif

41116_2022_35_Article_IEq551.gif

41116_2022_35_Article_IEq550.gif

Fig. 39

41116_2022_35_Article_IEq548.gif

41116_2022_35_Article_IEq547.gif

Fig. 38

41116_2022_35_Article_IEq545.gif

41116_2022_35_Article_IEq544.gif

41116_2022_35_Article_IEq543.gif

Fig. 1

41116_2022_35_Article_IEq541.gif

Fig. 36

41116_2022_35_Article_IEq539.gif

41116_2022_35_Article_IEq538.gif

41116_2022_35_Article_IEq537.gif

Fig. 2

41116_2022_35_Article_IEq535.gif

Fig. 1

41116_2022_35_Article_IEq532.gif

Fig. 27

41116_2022_35_Article_IEq504.gif

41116_2022_35_Article_IEq503.gif

41116_2022_35_Article_IEq501.gif

Fig. 2

Fig. 2

41116_2022_35_Article_IEq462.gif

Fig. 1

41116_2022_35_Article_IEq460.gif

41116_2022_35_Article_IEq459.gif

41116_2022_35_Article_IEq458.gif

41116_2022_35_Article_IEq457.gif

41116_2022_35_Article_IEq456.gif

Fig. 17

41116_2022_35_Article_IEq454.gif

Fig. 16

41116_2022_35_Article_IEq452.gif

12888_2022_4443_Article_IEq8.gif

41116_2022_35_Article_IEq425.gif

12888_2022_4443_Article_IEq6.gif

12888_2022_4443_Article_IEq5.gif

41116_2022_35_Article_IEq419.gif

41116_2022_35_Article_IEq417.gif

12888_2022_4443_Article_IEq2.gif

Fig. 3

41116_2022_35_Article_IEq360.gif

41116_2022_35_Article_IEq341.gif

41116_2022_35_Article_IEq340.gif

41116_2022_35_Article_IEq339.gif

41116_2022_35_Article_IEq337.gif

41116_2022_35_Article_IEq336.gif

41116_2022_35_Article_IEq334.gif

41116_2022_35_Article_IEq329.gif

41116_2022_35_Article_IEq301.gif

41116_2022_35_Article_IEq275.gif

41116_2022_35_Article_IEq269.gif

41116_2022_35_Article_IEq222.gif

41116_2022_35_Article_IEq199.gif