Optimización del método SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) que favorece el aislamiento de loci polimórficos para estudios filogenéticos en taxa cercanamente relacionados Optimization to the SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) favors the isolation of polymorphic loci for phylogenetic studies in closely related taxa

Revista Mexicana de Biodiversidad

关键词: filogenia molecular;    marcadores moleculares;    sistemática de plantas;    enzimas de restricción;    SCAR-Digerido;    RAPD;    molecular phylogeny;    molecular markers;    plant systematics;    restriction enzymes;    Digested-SCAR;    RAPD;   

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来源: DOAJ

【 摘 要 】

Las secuencias génicas han contribuido enormemente a los estudios filogenéticos en plantas. Sin embargo, una desventaja importante en las secuencias de varios loci es su baja resolución filogenética para resolver las relaciones de taxa cercanamente relacionados. En este trabajo se propone una modificación al método SCAR que consiste en: a) digerir fragmentos polimórficos generados con marcadores RAPD en lugar de clonarlos, b) secuenciar los fragmentos digeridos y c) alinear las secuencias para diseñar oligos específicos. Esta estrategia permitió comparar de manera más rápida y sencilla regiones variables útiles para los análisis filogenéticos en rangos taxonómicos menos inclusivos.
DNA sequence data have made a tremendous contribution to plant phylogenetics. Nonetheless, a notable shortcoming of several loci has been the poor phylogenetic resolution of relationships among closely related species. In this study a modification to the SCAR method is proposed that consists of: a) digestion of polymorphic RAPD fragments instead of cloning them, b) sequencing of the digested fragments, and c) alignment of sequences for designing specific primers. This simple approach allowed us to find variable DNA loci suitable for phylogenetic analysis at lower taxonomic ranks.

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