The Alpha Variant (B.1.1.7) of SARS-CoV-2 Failed to Become Dominant in Mexico

Microbiology Spectrum

卷:10

Nelly Selem Mojica¹  Héctor Montoya-Fuentes²  Gloria Elena Espinoza-Ayala³  Bruno Gómez-Gil⁴  Mauricio Rosales-Rivera⁵  Celia Boukadida⁶  Margarita Matías-Florentino⁶  Santiago Ávila-Ríos⁶  Marissa Pérez-García⁶  José Esteban Muñoz-Medina⁷  Maria-Eugenia Jiménez-Corona⁸  Blanca Taboada⁹  Carlos F. Arias⁹  Joaquín Moreno-Contreras⁹  Susana López⁹  Xaira Rivera-Gutierrez⁹  Antonio Loza⁹  Rodrigo García-López⁹  Pavel Iša⁹  Rosa María del Angel¹⁰  Luis Delaye¹¹  Rosa María Gutiérrez-Ríos¹²  Marina Escalera-Zamudio¹³  Clara Esperanza Santacruz-Tinoco¹⁴  Rosa María Wong-Chew¹⁵  Andreu Comas-García¹⁶  Julio Elias Alvarado-Yaah¹⁷  Angel Gustavo Salas-Lais¹⁷  Alfredo Herrera-Estrella¹⁸  Joel Armando Vazquez-Perez¹⁹  Selene Zárate²⁰  León P. Martínez-Castilla²¹  Hugo G. Castelán-Sánchez²¹  Alejandro Sanchez-Flores²²  José Antonio Enciso-Moreno²³  Gloria María Molina-Salinas²⁴ 

[1] Centro de Ciencias Matemáticas, Universidad Nacional Autónoma de México, Morelia, México;

[2] Centro de Investigación Biomedica de Occidente, Instituto Mexicano del Seguro Social, Guadalajara, México;

[3] Centro de Investigación Biomédica del Noreste, Instituto Mexicano del Seguro Social, Monterrey, México;

[4] Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo AC, Unidad Mazatlám, Mazatlán, México;

[5] Centro de Investigación en Ciencias, Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Cuernavaca, México;

[6] Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México, México;

[7] Coordinación de Calidad de Insumos y Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, México;

[8] Departamento de Epidemiología Instituto Nacional de Cardiología Ignacio Chávez, Ciudad de México, México;

[9] Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México;

[10] Departamento de Infectómica y Patogénesis Molecular, Cinvestav, Ciudad de México, México;

[11] Departamento de Ingeniería Genética, Cinvestav Unidad Irapuato, Guanajuato, México;

[12] Departamento de Microbiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México;

[13] Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, United Kingdom;

[14] División de Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, México;

[15] Facultad de Medicina, Laboratorio de Investigación en Enfermedades Infecciosas, División de Investigación, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México, México;

[16] Facultad de Medicna y Centro de Investigación en Ciencias de la Salud y Biomedicina, Universidad Autónoma de San Luis Potosí, San Luis Potosí, México;

[17] Laboratorio Central de Epidemiología, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, México;

[18] Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad-Unidad de Genómica Avanzada, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN, Irapuato, México;

[19] Laboratorio de Biología Molecular de Enfermedades Emergentes y EPOC Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Ciudad de México, México;

[20] Posgrado en Ciencias Genómicas, Universidad Autónoma de la Ciudad de México, Ciudad de México, México;

[21] Programa de Investigadoras e investigadores por México Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, Ciudad de México, México;

[22] Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva y Bioinformática, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, México;

[23] Unidad de Investigación Biomédica de Zacatecas, Instituto Mexicano del Seguro Social, Zacatecas, Zacatecas, México;

[24] Unidad de Investigación Médica de Yucatán, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mérida, México;

关键词: Alpha;    genomic surveillance;    Mexico;    SARS-CoV-2;   

DOI  :  10.1128/spectrum.02240-21

来源: DOAJ

【 摘 要 】

ABSTRACT During the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, the emergence and rapid increase of the B.1.1.7 (Alpha) lineage of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), first identified in the United Kingdom in September 2020, was well documented in different areas of the world and became a global public health concern because of its increased transmissibility. The B.1.1.7 lineage was first detected in Mexico during December 2020, showing a slow progressive increase in its circulation frequency, which reached its maximum in May 2021 but never became predominant. In this work, we analyzed the patterns of diversity and distribution of this lineage in Mexico using phylogenetic and haplotype network analyses. Despite the reported increase in transmissibility of the B.1.1.7 lineage, in most Mexican states, it did not displace cocirculating lineages, such as B.1.1.519, which dominated the country from February to May 2021. Our results show that the states with the highest prevalence of B.1.1.7 were those at the Mexico-U.S. border. An apparent pattern of dispersion of this lineage from the northern states of Mexico toward the center or the southeast was observed in the largest transmission chains, indicating possible independent introduction events from the United States. However, other entry points cannot be excluded, as shown by multiple introduction events. Local transmission led to a few successful haplotypes with a localized distribution and specific mutations indicating sustained community transmission. IMPORTANCE The emergence and rapid increase of the B.1.1.7 (Alpha) lineage of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) throughout the world were due to its increased transmissibility. However, it did not displace cocirculating lineages in most of Mexico, particularly B.1.1.519, which dominated the country from February to May 2021. In this work, we analyzed the distribution of B.1.1.7 in Mexico using phylogenetic and haplotype network analyses. Our results show that the states with the highest prevalence of B.1.1.7 (around 30%) were those at the Mexico-U.S. border, which also exhibited the highest lineage diversity, indicating possible introduction events from the United States. Also, several haplotypes were identified with a localized distribution and specific mutations, indicating that sustained community transmission occurred in the country.

【 授权许可】

Unknown