DECONbench: a benchmarking platform dedicated to deconvolution methods for tumor heterogeneity quantification

BMC Bioinformatics

Alexis Arnaud¹  Jérôme Cros²  Richard Tomasini³  Isabelle Guyon⁴  Magali Richard⁵  Clémentine Decamps⁵  Rémy Nicolle⁶  Florent Petitprez⁶  Lucile Armenoult⁶  Aurélia Baurès⁶  Mira Ayadi⁶  Aurélien de Reyniès⁶  Yuna Blum⁷  Sergio Escalera⁸ 

[1] Data Institute, Univ. Grenoble Alpes, Grenoble, France;Dpt of Pathology, Beaujon Hospital, Univ. Paris-INSERM U1149, Clichy, France;INSERM U1068 CRCM, Marseille, France;LISN (INRIA/CNRS), Université Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette, France;Laboratory TIMC-IMAG, UMR 5525, CNRS, Univ. Grenoble Alpes, Grenoble, France;Programme Cartes d’Identité des Tumeurs (CIT), Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France;Programme Cartes d’Identité des Tumeurs (CIT), Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France;IGDR UMR 6290, CNRS, Université de Rennes 1, Rennes, France;Universitat de Barcelona and Computer Vision Center, Barcelona, Spain;

关键词: Benchmarking platform;    Deconvolution;    Transcriptome;    DNA methylation;    Omics integration;    Cellular heterogeneity;    Cancer;   

DOI  :  10.1186/s12859-021-04381-4

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