Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis in Brazil before the whole genome sequencing era: a literature review

Memorias do Instituto Oswaldo Cruz

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Emilyn Costa Conceição¹  Richard Steiner Salvato²  Karen Machado Gomes³  Arthur Emil dos Santos Guimarães⁴  Marília Lima da Conceição⁴  Ricardo José de Paula Souza e Guimarães⁵  Abhinav Sharma⁶  Ismari Perini Furlaneto⁴  Regina Bones Barcellos⁷  Valdes Roberto Bollela⁸  Lívia Maria Pala Anselmo⁸  Maria Carolina Sisco⁹  Cristina Viana Niero^1,10  Lucilaine Ferrazoli^1,11  Guislaine Refrégier^1,12  Maria Cristina da Silva Lourenço¹  Harrison Magdinier Gomes¹  Artemir Coelho de Brito^1,13  Marcos Catanho^1,14  Rafael Silva Duarte⁹  Philip Noel Suffys¹  Karla Valéria Batista Lima⁴ 

[1] Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas, Programa de Pós-Graduação em Pesquisa Clínica e Doenças Infecciosas, Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas, Laboratório de Bacteriologia e Bioensaios em Micobactérias, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactérias;Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular;Laboratório de Referência Nacional para Tuberculose e outras Micobacterioses;Universidade do Estado do Pará, Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde, BrasilInstituto Evandro Chagas;Instituto Evandro Chagas, Laboratório de Geoprocessamento;International Institute of Information Technology, Department of Data Science;Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico;Universidade de São Paulo, Departamento de Clínica Médica da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto;Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactérias, BrasilUniversidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Laboratório de Micobactérias;Universidade Federal de São Paulo, Departamento de Microbiologia;Instituto Adolfo Lutz;Ecologie Systematique Evolution, Centre National de la Recherche Scientifique;Coordenação Geral de Vigilância das Doenças de Transmissão Respiratória de Condições Crônicas;Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Genética Molecular de Microrganismos

关键词: tuberculosis;    Mycobacterium tuberculosis;    genotyping;    MIRU-VNTR typing;    RFLP-IS 6110;    Brazil;   

DOI  :  10.1590/0074-02760200517

学科分类：地质学

来源: Bioline International

【 摘 要 】

Molecular-typing can help in unraveling epidemiological scenarios and improvement for disease control strategies. A literature review of Mycobacterium tuberculosis transmission in Brazil through genotyping on 56 studies published from 1996-2019 was performed. The clustering rate for mycobacterial interspersed repetitive units - variable tandem repeats (MIRUVNTR) of 1,613 isolates were: 73%, 33% and 28% based on 12, 15 and 24-loci, respectively; while for RFLP-IS6110 were: 84% among prison population in Rio de Janeiro, 69% among multidrug-resistant isolates in Rio Grande do Sul, and 56.2% in general population in São Paulo. These findings could improve tuberculosis (TB) surveillance and set up a solid basis to build a database of Mycobacterium genomes.

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