Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel

Pesquisa Agropecuária Brasileira

Moysés Nascimento²  Thelma Sáfadi¹  Fabyano Fonseca E Silva² 

[1] ,Universidade Federal de Viçosa Departamento de Estatística Viçosa MG

关键词: bioinformática;    método de Tocher;    método de Ward;    microarranjo;    modelo autorregressivo;    série temporal;    bioinformatics;    Tocher's method;    Ward's method;    microarray;    autoregressive model;    time series;   

DOI  :  10.1590/S0100-204X2011001100010

来源: SciELO

【 摘 要 】

O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados "microarray time series" e utilizadas, como variáveis, no processo de agrupamento. As previsões da expressão gênica foram feitas dentro de cada grupo formado, a partir dos ajustes no modelo AR(p) para dados em painel. O método de Ward foi o mais apropriado para a formação de grupos de genes com séries homogêneas. Uma vez obtidos esses grupos, é possível ajustar o modelo AR(2) para dados em painel e predizer a expressão gênica em um tempo futuro (135 min), a partir de um pequeno número de observações temporais (os outros nove valores de "fold-change").

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