O uso da variância como metodologia alternativa para integração de mapas genéticos

Pesquisa Agropecuária Brasileira

Caio Césio Salgado¹  Cosme Damião Cruz¹  Moysés Nascimento¹  Carlos Felipe Sanches Barrera¹ 

[1] ,Universidade Federal de Viçosa Departamento de Genética e Melhoramento Viçosa MG

关键词: frequência de recombinação;    grupos de ligação;    marcador molecular;    tensão interna;    recombination frequency;    linkage groups;    molecular marker;    internal tension;   

DOI  :  10.1590/S0100-204X2011000100009

来源: SciELO

【 摘 要 】

O objetivo deste trabalho foi desenvolver um processo de integração de mapas genéticos, com o uso do inverso da variância, e testar sua eficiência. Foram utilizadas populações simuladas F2 codominante e de retrocruzamento, com tamanhos populacionais de 100, 150, 200 e 400 indivíduos, tendo-se considerado uma espécie diploide fictícia com 2n = 2x = 2 cromossomos, com o comprimento total do genoma por grupo de ligação estipulado em 100 cM, 21 marcas por grupo de ligação e marcadores equidistantes em 5 cM. Os genomas foram comparados quanto ao tamanho do grupo de ligação, variância das distâncias entre marcas adjacentes, correlação de Spearman e quanto ao estresse relativo à adequação das distâncias estimadas. Cada genoma simulado foi fragmentado em quatro novos mapas: três com oito marcadores e um com nove marcadores, cada qual com quatro marcadores âncoras. Os mapas foram alinhados, ordenados, integrados e, em seguida, comparados ao mapa de origem. O processo de integração de mapas proposto mostrou-se eficiente. Os mapas gerados tiveram pequena tensão interna em comparação aos mapas dos quais se originaram. A integração de mapas depende do tipo de população utilizada, tamanho da população, tipo de marcador, da frequência de recombinação e da fase de ligação.

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